Pedagogická činnost Pavla Škrabala spadá především do protektorátního období. V té době se věnoval nejen výuce dominikánských kleriků, ale jako náhradní profesor vyučoval po uzavření českých vysokých škol také diecézní bohoslovce. Z ohlasů jeho žáků vidíme, že byl oblíbeným učitelem – zřejmě proto, že teoretické výklady spojoval s vyprávěními o vlastních zkušenostech ze zahraničních pobytů. Vyučoval hebrejštinu, exegezi Starého i Nového zákona, úvod do knih Písma svatého a biblickou archeologii.